Presque dans la foulée, Jorgensen réalisera une nouvelle performance de marque en disputant une troisième finale d'affilée à l'Open d'Indonésie. Battu par Lee Chong Wei dans un incroyable thriller de plus d'une heure de jeu (21-17, 19-21, 21-17), le Danois, en confiance et affichant un niveau de jeu conforme à son potentiel, se rend alors à Rio avec une médaille dans le viseur. D'abord vainqueur de Must et de Leverdez, le Danois s'arrêtera pourtant dès les huitièmes de finale, vaincu par Srikanth Kidambi à l'issue d'un match terriblement frustrant (19-21, 19-21). Déception immense pour le Danois, contraint de repousser son rêve olympique de quatre ans supplémentaires. Pendant ce temps-là, Axelsen confirme lui son ascension : 22 ans à peine, et une médaille olympique déjà autour du cou. Mais le jeune Danois sait être reconnaissant envers son aîné qui, il l'affirme lui-même, lui a beaucoup apporté.
Déçu mais pas abattu, le Viking aura su rebondir très vite. Un mois après Rio, il se hisse jusqu’en finale de l’Open du Japon, battu par Lee Chong Wei dans une nouvelle finale de très haut vol (18-21, 21-15, 16-21). Tenace, Jorgensen s’offrira le deuxième "monument" de sa carrière à la fin de l’automne, impressionnant de solidité pour terrasser Chen Long sur ses terres en finale de l’Open de Chine (22-20, 21-13). Une grande première pour un joueur européen. À 28 ans, le Danois remporte donc, deux ans après l’Open d’Indonésie, son second Super Series Premier pour finir l’année à la deuxième place mondiale, juste devant Axelsen. S'il n'a pas su briller dans la plupart des grands rendez-vous, le natif d'Aalborg aura su, cependant, faire preuve d'une force de caractère à toute épreuve. Ce sera là, pourtant, son dernier coup d'éclat...